Pour exercer ses attributions, le secrétaire général pour l'administration dispose de six directions et d'un service.
La direction des affaires financières (DAF) a pour mission de centraliser, pour l'ensemble du ministère, toutes les questions économiques, financières, budgétaires, comptables, fiscales et statistiques. Elle participe à l'exercice de la tutelle, pour les aspects budgétaires et financiers, sur l'ensemble des établissements publics relevant du ministère.
La direction de la fonction militaire et du personnel civil (DFP) est chargée d'élaborer, de proposer au ministre et de mettre en oeuvre la politique générale du personnel civil et militaire y compris le personnel militaire des réserves, ainsi que d'administrer le personnel civil de la Défense.
La direction des affaires juridiques (DAJ) exerce une mission de conseil et d'assistance auprès du ministre et au profit de l'ensemble des états-majors, directions et services du ministère sur les questions juridiques d'ordre interne, européen ou international liées à leur activité. La création de cette direction, en mars 1999, est apparue nécessaire pour individualiser et renforcer la fonction juridique.
La direction du service national (DSN) propose et met en oeuvre la politique du service national. Elle est particulièrement chargée de la conduite de la journée d'appel de préparation à la défense (JAPD). En outre, elle est responsable des actions du ministère liées au recensement, ainsi que de la tenue des archives des français ayant effectué le service national.
La direction de la mémoire, du patrimoine et des archives (DMPA), créée en novembre 1999 par regroupement du service du patrimoine de la Défense et de la délégation à la mémoire et à l'information historique des Anciens combattants, est chargée de conduire les actions culturelles et éducatives du ministère. Elle est en outre responsable de la politique d'ensemble du ministère en matière immobilière, domaniale, de logement et d'aménagement du territoire. Enfin, elle élabore, anime et coordonne la politique des archives et des bibliothèques. Au sein de la DMPA, la mission pour la réalisation des actifs immobiliers (MRAI) est chargée de vendre le patrimoine immobilier devenu inutile aux armées.
La direction des statuts, des pensions et de la réinsertion sociale (DSPRS) contribue à l'élaboration et veille à l'application des dispositions législatives et réglementaires relatives à l'ensemble des statuts, titres, cartes et retraites des anciens combattants et victimes de guerre ainsi qu'aux pensions militaires d'invalidité. Elle est également chargée du pilotage des directions interdépartementales des anciens combattants.
Le service des moyens généraux (SMG), également créé en mars 1999, coordonne le soutien matériel de l'administration centrale et la politique d'informatique générale. Il organise et met en oeuvre les moyens matériels nécessaires au fonctionnement des services de l'administration centrale dont il assure le soutien.
Sont également rattachés au SGA :
- la délégation aux restructurations (DAR) qui coordonne et suit les restructurations nécessaires à l'adaptation de l'outil de défense ;
- le centre de formation au management de la Défense (CFMD) qui développe les formations des cadres supérieurs du ministère ;
- le centre d'études d'histoire de la Défense (CEHD) qui anime la recherche sur l'histoire de la Défense ;
- le centre d'études en sciences sociales de la Défense (C2SD) qui anime la rechercheen sciences sociales ;
- la commission consultative médicale des anciens combattants et victimes de guerre (CCMACVG).
En outre, le SGA a autorité sur quatre inspecteurs civils.
Enfin, le SGA dispose de chargés de mission qui sont nommés par le ministre sur sa proposition.
Les services du secrétariat général pour l'administration emploient, au 1er mai 2002, 7 716 personnes : 3 087 dans l'administration centrale, 3 374 à la direction du service national et 1 255 dans les services extérieurs des anciens combattants.