La direction des affaires juridiques a été créée en mars 1999 dans le cadre de la réforme de l'ensemble du secrétariat général pour l'administration (SGA).
En matière juridique, le ministère devait s'adapter à la place croissante du droit, dans la société en général et dans ses activités en particulier. Celle-ci se traduit à la Défense par une forte montée des contentieux (+22% en sept ans) et par une production normative accrue.
Dans le domaine international, la DAJ a pour vocation de fournir aux états-majors et services, le soutien juridique spécialisé qui leur est nécessaire. Le ministère développe, depuis quelques années, d'importantes activités qui conduisent à la conclusion d'accords ou d'arrangements internationaux (200 projets de textes avec plusieurs dizaines d'Etats sont ainsi en cours de négociation : corps européen, brigade franco-allemande...). Il en va de même en droit européen, la construction européenne concernant désormais directement le ministère non plus seulement à travers le premier pilier de l'Union, mais aussi avec la PESC et l'Europe de l'armement.
Par ailleurs, il est nécessaire d'assurer la prise en compte des intérêts de la Défense, notamment des forces armées et de la DGA, dans l'unification des règles de droit qui accompagne globalement la montée du juridisme. Le ministère connaît en effet un certain nombre de règles particulières ou dérogatoires qui sont, aujourd'hui, parfois remises en cause. Cette banalisation des règles de droit applicables à la Défense doit être maîtrisée car les particularismes existants répondent aussi aux nécessités et aux difficultés du métier des armes.
La DAJ doit donc veiller à préserver les intérêts et les particularités nécessaires à la Défense, au fonctionnement des armées, au personnel civil et militaire et à la DGA.. La DAJ compte environ 200 personnes et est organisée autour de trois sous directions (la sous-direction du droit public et du droit privé, la sous-direction du droit international et du droit européen et la sous-direction du contentieux), une division (la division des affaires pénales militaires) et deux missions (la mission centrale de liaison pour l'assistance aux armées étrangères et la mission de codification).